I – Di truyền màu lông
Lông tơ, lông, da, lông mao là tính trạng kinh tế quan trọng ở dê, cũng là 1 trong những tiêu chí nhận biết cá thể, di truyền chủng loài.
Kiểu hình biểu hiện của màu lông dê chủ yếu có màu trắng, màu đen, màu xám (xám đậm đến xám nhạt), màu nâu… biến dị màu lông chủ yếu ở dê là do số ít gen quy định, tuân theo định luật Melden. Nghiên cứu trên đàn dê châu Âu, Tây Á và Đông Nam Á cho thấy, biến dị màu lông dê chủ yếu được quy định 4 quỹ tích gen dưới đây: quỹ tích hoang (A); nhân tử màu lông pha loãng (D); trắng thượng vị (I); đốm trắng (S).
3 ranh giới tuổi tạo nên biến dị gen: cừu sơ sinh, cừu non trước khi cắt lông lần đầu, cừu trưởng thành.
Di truyền màu lông dê vô cùng phức tạp, thường lấy màu trắng làm cơ sở, lấy các cá thể màu khác giao với cá thể màu trắng. Nhiều nghiên cứu cho rằng, lông có màu ở dê do nhiều alen trên nhiều điểm gen điều khiển, quy luật di truyền của nó phù hợp với định luật Melden, nhưng màu lông dê lại chịu ảnh hưởng bởi môi trường bên ngoài, ở các giai đoạn khác nhau có sự thay đổi khác nhau. Ví dụ, dê non Karakul mới sinh ra có màu lông đen, lớn lên chút màu lông trở thành màu nâu đen hoặc màu nâu.
Trong công tác gây giống loài dê, mục đích chọn lựa màu lông là chọn màu đảm bảo giá trị kinh tế, loại bỏ các màu lông ảnh hưởng đến hiệu quả kinh tế của sản phẩm. Hiện nay, đã sử dụng gen màu lông khác nhau để cải tạo giống dê quý.
II – Di truyền kiểu hình sừng
Tính trạng sừng dê do một cặp alen quy định, gen không sừng trội át gen có sừng. gen không sừng ở dê thường có liên kết với một vài tính trạng khuyết tật di truyền.
III – Di truyền yếm thịt, râu và tai
1, Yếm thịt (nếp da dưới cổ) của con dê
Tính trạng này thường được quy định bởi gen trội W ở nhiễm sắc thể thường, những kiểu hình khác nhau. Tần số gen ở các loài khác nhau có sự khác biệt rất lớn. Sự phát triển sinh sản của dê cái có yếm thịt (WW hoặc Ww) cao hơn 7% so với sự sinh sản ở dê cái không có yếm thịt (ww).
2, Râu dê
Di truyền liên kết giới tính trội .
3, Tai dê
Có tai thường, tai ngắn và không tai. Tai thường mang tính trội, không tai mang tính lặn. Tính trạng này có thể được điều khiển bởi gen trên nhiễm sắc thể thường.